Les collections sont fondamentales pour les recherches sur les mécanismes adaptatifs et l’évolution.

Elles permettent les comparaisons entre les individus et entre les espèces. Les collections de recherche sont collectées et gérées dans le cadre de programmes de recherche, comme la collection de Scarabaeinae gérée par François Feer , et la carpothèque de Brunoy, gérée par Sylvie Jouard. Les collections du Muséum sont gérées par la direction des collections du Muséum et mises à la disposition de la communauté. Elles sont accessibles à la consultation et au prêt sur demande via colhelper ou l’espace collections sur le site MNHN). Marc Herbin est chargé de conservation des collections anatomiques en fluide et Anick Abourachid est chargée de conservation des collections exposées dans la galerie d’Anatomie comparée.